L'entorn natural del Pla de l'Estany també destaca per la diversitat i per la riquesa de la flora i de la fauna. Existeix una gran varietat d'ocells, especialment al voltant de l'estany, on anualment hivernen més de cent espècies diferents: bernats pescaires, ànecs coll verd, diversos tipus de gavians, aus rapinyaires, etc. Al Clot d'Espolla, un dels estanyols intermitents, hi habita una espècie de crustaci primitiu molt singular: el triops crancriformis.
El llegat històric es pot resseguir des del Parc de les coves prehistòriques de Seriny`, el Parc Neolític de la Draga (a Banyoles) i la vila romana de Vilauba, a Camós, fins la presència del romànic, representat en gairebé una seixantena d'esglésies i ermites, així com en castells, cases fortes i masies de gran valor arquitectònic i històric.