El mateix mes, l'Ajuntament de Girona va convocar tota la ciutat i es va reclutar un contingent de 100 homes, i més tard dues companyies més, que anaven al front amb una manca total de recursos. Malgrat que el cap de l'exèrcit francès havia demanat a la Convenció, i aquesta ho havia autoritzat, que la guerra fos a mort, és a dir, que no farien presoners i tothom seria passat per les armes, Dugommier i Augereau, que prosperaven per l'Empordà, provaren un discurs d'atracció dels catalans (3) ; malgrat aquest intent, es llançaren a una conquesta acarnissada i tremenda.

A començaments del mes de juny els francesos fracassaren en l'intent de prendre el pont de Campmany, en l'anomenada batalla del Llobregat. A mitjan juny els francesos saquejaren Besalú. Mentre, a la Cerdanya, l'exèrcit espanyol, va fracassar en l'intent de recuperar Bellver i Puigcerdà.

El mes de juliol, el francesos, provinents de Cantallops, atacaren els voltants d'Espolla, per intentar prendre Vilartolí i Sant Climent de Sescebes. Al mateix temps des de la muntanya del Bassegoda s'intentà un atac a Sant Llorenç de Cerdans. Els dos exèrcits s'enfrontaren a Lliurona, Albanyà i Vilarig. El 25 de juliol el general Jacques Léonard Muller, que dirigia les tropes franceses, entra al País Basc ocupant Pasaia, Hondarribia i Sant Sebastià, on va morir Dugommier, a l'espera de l'ordre d'entrada a Catalunya

El mes d'agost, uns 14.000 soldats i 6.000 sometents intentaren reconquerir Sant Llorenç de la Muga, però foren derrotats. Finalment els francesos abandonaren el poble, destruint la farga. També abandonaren La Salut i Boadella. El 17 de setembre es va lliurar a la Convenció el fort de Bellaguarda. Simultàniament l'exèrcit espanyol intentà prendre la muntanya de Mont-roig, peró l'acció va fracassar. El mes d'octubre els francesos intentaren prendre Les Escaules, i varen arribar a les portes de Terrades.

A mitjan novembre els republicans tornaren a atacar Espolla, procedents del pont de Campmany, i també en direcció a Pont de Molins. El 16 de novembre una bomba va matar el general Dugommier a Mont-roig; el seu successor al front de les tropes franceses va ser el general Catherine-Dominique de Pérignon. En aquells moments hi havia uns 40.000 soldats per bàndol combatent a l'Empordà. Encara que Sant Llorenç de la Muga havia tornat a caure en poder dels francesos i que l'ala esquerra de l'exèrcit espanyol havia sigut vençuda, el centre encara resistia.

Entre el 17 i el 20 els francesos atacaren i conqueriren el monestir del Roure, al mig de la linia defensiva de l'exèrcit espanyol. En la batalla també va morir Luis Firmín de Carvajal, comte de La Unión. Sense comandant en cap, l'exèrcit espanyol es retirà en desordre cap a Figueres, d'on fugí cap a Girona. Pedro Agustín Girón, marquès de Las Amarillas, prengué el comandament interinament. Aquell dia, només l'ala dreta va guanyar la seva batalla peró, sense recolzament, finalment es veié obligada a retirar-se. L'artilleria anà cap a Roses i la infanteria i cavalleria cap a Bàscara.

La reial foneria de Sant Sebastià, destinada a la fabricació de munició d'artilleria havia convertit Sant Llorenç de la Muga en un centre d'alt interès estratègic, i per això havia estat punt d'entrada de l'exèrcit francès en iniciar-se la Guerra Gran. A l'Empordà, al nord del riu Fluvià, només les places fortes de Roses i Figueres restaren en poder dels espanyols. La majoria dels habitants també fugiren de les seves llars cap a territoris controlats per l'exercit espanyol. El 28 de novembre es rendí el castell de Figueres, sense disparar un sol tret, amb més de 9.000 soldats al seu interior, 171 canons de gros calibre i municions i aliments per un any.

S'aconseguí crear un línia defensiva al llarg del riu Fluvià. Al nord, ja només Roses resistía, amb ajuda de la flota de guerra espanyola.

A partir d'aquell moment, i vist l'estat d'abandonament en que el govern espanyol havia deixat a Catalunya, els catalans prengueren el comandament de la guerra. Molts pobles de Catalunya es negaren a allotjar als soldats espanyols i molts sometents es negaren a acceptar les ordres dels caps militars espanyols. Finalment es va convocar, el desembre del 1794 a Barcelona, una assamblea de 55 diputats presidits pel capità general Josè de Urrutia, fill d'un noble basc que s'havia establert a Badalona, a la masia anomenada avui Can Ruti, i que va procedir a la militarització de Catalunya.

Es crearen unes juntes de sometent, que, en tres mesos posaren en peu de guerra un exèrcit de 15.000 miquelets, que amb els sometents allistats des del maig de 1794 sumaven uns 20.000 homes, a part d'altres catalans que ja servien en diferents unitats de l'exèrcit. A més, es planificà el finançament d'aquest exèrcit perque no hi haguessin els mateixos problemes que amb els somatents mobilitzats l'any abans. Aquesta assamblea no aconseguí convertir-se en una Junta que governés la provincia, peró a la pràctica la que es constituí a Girona sí que ho aconseguí, va tenir un paper hegemònic i dirigí la resistència durant la resta del conflicte.

Les unitats catalanes engegaren una guerra de guerrilles que desgastà molt els francesos, amb constants atacs per sorpresa i que resultà molt efectiva. Mentre, l'exèrcit espanyol, format en aquells moments per uns 70.000 homes, es trobava en un estat de total passivitat, sense fer cap moviment que permetés alleugerir el setge de Roses o guanyar posicions.